首頁> 財經> 正文

提升計算效率 百濟神州選擇浪潮高效計算平臺為新藥研發提速

全球TMT 發布時間: 2022-11-09 09:20:02 評論數 0 閱讀量: 1.59w

北京2022年11月7日 /美通社/ -- 腫瘤的病因很大一部分在基因層面,需要精準找到發病點,并針對性起作用,這對藥物研發能力提出了更高要求。從藥物開發周期來看,小分子藥、單抗藥物比傳統藥物在研發階段的投入大、時間長、風險大,這令部分企業望而卻步。如何高效率研發出創新藥物,提升開發平臺能力,成為企業思考的問題。

百濟神州是一家專注于開發、商業化創新抗腫瘤藥物的全球性生物科技公司,旨在為全球患者改善治療效果、提高藥物可及性。在藥物研發過程中,百濟神州通過"計算機輔助藥物設計(CADD)",降低部分研發費用,提升新藥研制速度。

計算機輔助藥物設計為新藥研發提速

CADD是以計算化學為基礎,通過計算機的模擬、計算來預測藥物與受體生物大分子之間的關系,設計和優化先導化合物。調研數據顯示,通常一個新藥從先導化合物的發現、鑒定和優化,到實驗室臨床前研究,再到I~V期臨床研究,平均需要10年以上的時間,花費約3億美金以上。通過CADD,大大節省了新藥開發的人力、物力和財力,成為新藥研制的加速器。

同時CADD還提高了藥物設計的成功率,隨機篩選的命中率僅為0.01-0.1%,而CADD命中率則提高至5-20%,另外,CADD可使理論思維形象化、可視化,提供方便直觀的設計手段,使得藥物設計從盲人摸象的經驗時代進入到合理藥物設計時代?;仡櫄v史不難發現,很多著名的藥物都是源自CADD,例如抗癌藥物伊馬替尼、吉非替尼、舒尼替尼等。

百濟神州借助浪潮信息搭建的服務器集群,利用研究生物分子體系的分子動力學的程序 -- GROMACS研究蛋白質分子,助力其CADD業務的研究。

GROMACS是用于研究生物分子體系的分子動力學程序包。它可以用分子動力學、隨機動力學或者路徑積分方法模擬溶液或晶體中的任意分子,進行分子能量的最小化,分析構象等,其在模擬大量分子系統的牛頓運動方面具有極大的優勢。

在應用方面,分子動力學軟件對于CPU的需求為持續高要求,因此對于系統配置而言,由于大部分時間都在進行浮點計算;在分子動力學并行計算過程中,在空間中或者以原子為單位劃分了多個分布式的處理子部分,會導致在邊界上或者交叉點處會有大量的不同節點之間的數據交互,網絡的占用率非常高;

此外,分子動力學計算后期會產生系統在模擬時間內的軌跡文件,隨著研究體系的增大,結果文件可以達到幾GB到幾十GB,這對于系統的總體存儲容量要求非常高;并且分子動力學高并行度的特點,需要多節點組成的大規模并行集群系統架構,以實現大規模的計算。

浪潮服務器助百濟神州提升開發效率

通過反復對各個廠商的甄選,百濟神州發現,使用浪潮的服務器和存儲方案時,GROMACS可以獲得更高的混合精度浮點計算能力,從而成倍提高計算的效率,告別漫長的運算時間。

通過GPU服務器NF5688M6、NF5468M6和NF5280M5,依托業界先進的互聯結構,釋放出強大的雙精度、單精度等多種算力,支持百濟神州的大規模計算量能得到快速處理;配置TB級內存和SSD固態盤的NF5280M5大幅提升雙精度浮點計算能力和緩存讀寫效率。

存儲方面,通過存儲產品是AS5300G5盤陣,提供了612TB的存儲空間,保證客戶的數據存儲穩定可靠。通過針對性地部署AI算力產品,系統性能有了顯著提升,縮短了業務的響應時間,釋放出強大的雙精度、單精度等多種算力,支持百濟神州的大規模計算量能得到快速處理。

網絡方面,通過萬兆網卡、萬兆交換機及配套萬兆光纖線纜,計算網絡帶寬達到10Gbps, 滿足計算和存儲業務數據流轉需求的同時,具有超高的性價比。

目前,百濟神州已有三款自主研發產品實現商業化上市,包括百悅澤?(澤布替尼)、百澤安?(替雷利珠單抗)和百匯澤?(帕米帕利),公司擁有約40款在研藥物和商業化產品組合,包括多款具備差異化潛力的在研大分子、小分子藥物。百濟神州正在超過45個國家和地區執行近 80 項正在進行或已計劃的臨床試驗,入組了超過 16,000 名受試者,其中約半數是在中國以外入組 。

百濟神州通過加大使用計算機輔助設計的軟件和服務器系統,縮短了研發周期,提升自主臨床開發能力和效率,進一步降低研發成本,致力于在行業內走出一條與眾不同的發展道路。未來,依托先進的算力平臺,相信百濟神州利用CADD技術一定會研制出更多的明星產品,百創新藥,濟世惠民。

特別聲明:以上內容為新媒體平臺“驅動號”用戶上傳并發布,該內容觀點僅代表作者本人,驅動號僅提供信息存儲空間服務。

全部評論 {{total}}

868 文章數量

2909.31w+ 閱讀量

坐到桌上腿张开H